Из-за возможного нагревания, смещения или повреждения тканей МРТ запрещена у пациентов с наличием электрокардиостимулятора или кардиовертера-дефибриллятора, имплантов среднего и внутреннего уха, автодозаторов лекарственных средств и инсулина, крупных металлических осколков, клипс/зажимов сосудов мозга, искусственных сердечных клапанов из металлических материалов. Если имеется выписка из истории болезни после оперативного лечения, где указан материал протеза или импланта и совместимость с МР-сканированием, ее лучше взять с собой.
Ограничением к диагностике является вес тела более 110 кг, первые три месяца беременности. У тяжелых пациентов с невозможностью лежать неподвижно, лиц с клаустрофобией, маленьких детей допускается присутствие сопровождающих и проведение сканирования под внутривенным наркозом.