Воздействие магнитного поля томографа может привести к смещению металлических имплантатов. Поэтому МР-томография сосудов запрещена у пациентов с установленным кардиостимулятором, ферромагнитным или электронным имплантатом среднего и внутреннего уха, инсулиновым насосом, большими металлическими осколками, кровоостанавливающими клипсами мозговых сосудов, протезами клапанов сердца. Ограничена МРТ при весе тела боле 110 кг и у беременных женщин в первом триместре. При необходимости исследования у людей с клаустрофобией, невозможностью неподвижно лежать (например, из-за болевого синдрома) и маленьких детей применяется медикаментозный сон.